持续旅行的小智一行人，来到了被丰富自然的河川环绕的城镇米季纳。这个城镇里拥有数千年前的遗迹，小智等人在巨大的岩山上朝遗迹前进。突然，遗迹附近的湖刮起了水龙卷并向小智等人逼进，就在快被龙卷风卷入时，随着“帝牙卢卡，拜托了！”的声音出现了一名女性。下一刻，撕开空间的帝牙卢卡出现了。这位名叫“希娜”的女性，是遗迹的守护者，拥有与神奇宝贝心灵相通的能力。在希娜的邀请下，让小智他们使用时空仪来说明有关帝牙卢卡、帕路奇犽、骑拉帝纳的空间，并说起了在米季纳关于被称为诞生一切的幻之神奇宝贝“阿尔宙斯”的古老传说…。

故事讲述的是一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。但当超梦醒来后，却因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老大出现在超梦的面前，用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事，但没过多少时间，超梦再次对自我感到迷茫。超梦回到那个复制它的岛屿，决定开始它的复仇之战。

森林遭遇危机时，小智、皮卡丘与可可一同挺身而出，为保护森林中的宝可梦而战。除了一贯的可爱的宝可梦形象外，本片还着重刻画了萨戮德与可可之间超越血缘的父子情谊。

蒂姆·古德曼为寻找下落不明的父亲来到莱姆市，意外与父亲的前宝可梦搭档大侦探皮卡丘相遇，并惊讶地发现自己是唯一能听懂皮卡丘说话的人类，他们决定组队踏上揭开真相的刺激冒险之路。探案过程中他们邂逅了各式各样的宝可梦，并意外发现了一个足以毁灭整个宝可梦宇宙的惊天阴谋。

一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。当超梦醒来后，因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老大出现在超梦的面前，用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事，但没过多少时间，超梦再次感到迷茫。

影片讲述的是一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。但当超梦醒来后，却因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老大出现在超梦的面前，用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事，但没过多少时间，超梦再次对自我感到迷茫。超梦回到复制自己的岛屿，决定开始它的复仇之战。与此同时，小智和皮卡丘等一行人接收到了一封神秘人的邀请函，邀请参加世界最强的宝可梦训练家宴会。等他们穿过了狂风暴雨的海岸终于到达了新岛时，没想到在