真理之箱已经透露是当年Alteran人研制的一个洗脑装置，它引起了在道德和哲学上的极大争议，赞成使用的一派Alteran人后来成为Ori，反对的一派离开家乡星系并最后到了银河系，就是古人。在这部电影里，主角们必须使用它来消灭Ori，但这个决定是艰难的，因为一旦使用，在本质上就与Ori毫无区别。

蛰伏的无限者为了获得“抑制剂”的配方不断派出异能者作案，多次袭击异能局成员。望帝利用被洗脑的沈梦，大举进攻异能局。面对来势汹汹的无限者，异能局众人同心合力，与无限者斗智斗勇，解决了一次次的危机。然而一心想篡位的周蝶也在蠢蠢欲动谋划了一场更大的阴谋……